-> Scène 1 : Trinity est traquée (->6min)

-> Scène 2 : (6min à 7min30)
- Les agents disent chercher Néo. 
- On le voit chez lui, endormi devant son ordinateur.
- L'écran de l'ordi devient noir. 3 phrases s'affichent :
   "WAKE UP NEO"
   "THE MATRIX HAS YOU"
 et"FOLLOW THE WHITE RABBIT" 

-> Scène 3 : (7min30 à 9min18)
- Choi vient chercher un logiciel pirate.
- 8min06 : livre Simulacres et simulation de Baudrillard
- 8min37 : Néo demande :"Il t'es jamais arrivé de... de ne pas savoir si tu es réveillé ou encore endormi?"
- Néo remarque le lapin blanc tatoué sur l'épaule de la fille

-> Scène 4 : (9min19 à 11min28)
- Néo rencontre Trinity
- Trinity: "S'il te plait, écoute-moi! Je sais pourquoi tu es ici. Je sais tout ce que tu as fait. Je sais pourquoi tu dors à peine, pourquoi tu vis seul et pourquoi nuit après nuit tu restes assis devant ton écran. Tu le cherches désesperemment Je le sais parce que moi aussi je l'ai longtemps cherché. Et quand il m'a trouvée, il m'a dit que ce n'était pas lui que je cherchais vraiment. En fait je cherchais une réponse. A la question qui nous anime tous Neo, A la question qui t'as poussé à venir. Tu connais cette question, comme je la connaissais...
Neo: Qu'est ce que c'est que la Matrice ?
Trinity: La réponse est là, quelque part. Elle te cherche aussi, et elle te trouveras, si tu veux qu'elle te trouve..."

-> Scène 5 : (11min29 à 12min30)
- Néo arrive en retard au boulot et se fait engueuler par son patron.

-> Scène 6 : (12min30 à 16min18)
- Morpheus contacte Néo alors qu'il est à son bureau : "J'ignore si tu es prêt à voir ce que j'ai à te montrer"
- Les agents viennent pour l'arrêter

-> Scène 7 : (16min19 à 20min39)
- Interrogatoire
- Pose d'un mouchard

-> Scène 8 : (20min40 à 21min40)
- Néo se réveille dans son lit et croit avoir rêvé.
- Morphéus l'appelle au téléphone : "Tu es l'élu Néo"

-> Scène 9 : (21min40 à 24min05)
- Retrouve Trinity dans la voiture
- Elle lui enlève le mouchard

-> Scène 10 : (24min05 à 28min38)
- Rencontre avec Morpheus
- Morpheus : 
"Je suppose que pour l'instant, tu te sens un peu comme Alice : tombé dans le terrier du lapin blanc." 
"Tu as le regard d'un homme qui est prêt à croire tout ce qu'il voit parce qu'il s'attend à s' éveiller à tout moment, et paradoxalement, ce n'est pas tout à fait faux"
Au sujet de la matrice :
" La Matrice est universellle. Elle est omniprésente. Elle est avec nous ici, en ce moment même. Tu la vois chaque fois que tu regardes par la fenêtre ou lorsque tu allumes la télévision. Tu ressens sa présence lorsque tu pars au travaill, quand tu vas à l'église ou quand tu paie tes factures. Elle est le monde qu'on supperpose à ton regard pour t'empêcher de voir la vérité.
Neo: Quelle vérité ?
Morpheus: Le fait que tu es un esclave, Neo. Comme tous les autres tu es né enchainé. Le monde est une prison où il n'y a ni espoir ni saveur ni odeur, une prison pour ton esprit. Et il faut que tu saches que malheureusement, si tu veux découvrir ce qu'est la Matrice, tu devras l'explorer toi même."
- Morpheus offre le choix à Néo entre la vérité et l'illusion :
"Choisis la pillule bleue et tout s'arrête : après tu pourras faire de beaux rêves et penser ce que tu veux. Choisis la pillule rouge, tu restes au pays des merveilles, et on descend avec le lapin blanc au fond du goufre. N'oublie pas : je ne t'offre que la vérité rien de plus."  

-> Scène 11 : (28min40 à 31min09)
- Néo entre dans la salle où on va le brancher à une machine pour le localiser dans le réel.

-> Scène 12 : (31min10 à 33min54)
- On voit son corps être libéré et les autres piles humaines.
- Il est débranché et évacué. Le vaisseau de Morpheus le récupère. 
- Morpheus : "Bienvenue dans le monde réel"

-> Scène 13 : (33min55 à ...)
- Réveil progressif. Rééducation.
Neo: "Pourquoi j'ai mal aux yeux ?"
Morpheus: "Tu vois clair pour la premiere fois."