Les Iles Comores se trouvent à l’entrée Nord du Canal du Mozambique, entre Madagascar et le continent africain. Il s’agit d’un archipel de quatre îles volcaniques, formées par l’arrivée d’un panache magmatique sur la croûte océanique, à l’aplomp d’un point chaud ou hot spot. Les laves basaltiques qui s’accumulent sur le plancher océanique finissent par emerger et former une île volcanique reposant sur un appareil volcanique de forme cônique, d’environ 3000 m de hauteur. L’archipel des Comores s’est donc formé grâce à l’action combinée de l’activité intermittente du point chaud et de la migration de la plaque vers le Sud Est, pendant l’ouverture du Canal du Mozambique qui débute au Carbonifère (-300 Ma) et qui arrache Madagascar au continent africain. Les îles de notre archipel se sont ainsi mis en place du Sud-Est vers le Nord-Ouest, sur un axe de direction N140. L’ile de Mayotte,la plus vieille a emergé, à la fin du Miocène, il y a 9 à 8 Ma. Ensuite, dans le Pliocène se sont formées successivement les îles Anjouan (Ndzouani), Mohéli (Mouali) et la plus récente, la Grande Comore (Ngazidja), vieille seulement de 3Ma, et dont le volcanisme actif se manifeste encore au niveau du Mt Karthala (2360 m).
Vers 130 km à l’Est de l’île Mayotte, se trouve les atolls de la Zélée et du Geyser. Certains géologues pensent qu’il s’agirait des toutes premières îles formées par ce point chaud des Comores. D’ailleurs ces atolls sont l’image du devenir des îles Comores, dans quelques dizaines de millions d’années.
