Depuis ses débuts, la franchise Pokémon s’est déclinée en de nombreux mangas, qui adaptent de manière plus ou moins libre l’univers du jeu vidéo ou du dessin animé. Ils sont publiés au Japon par Sh?gakukan et traduits en anglais par VIZ Media et Chuang Yi. Deux séries se distinguent par leur longévité puisque originellement parus à l’époque de Pokémon Rouge et Vert, elles continuaient à être publiées lors de la sortie de Pokémon Noir et Blanc.

D’une part, Pocket Monsters, de Anakubo K?saku, est une série humoristique assez éloignée de l’intrigue classique de Pokémon, mettant en scène un dresseur du nom de Red et ses deux Pokémon, un Mélofée grossier et insupportable et un Pikachu. La série est extrêmement populaire au Japon, où les ventes atteignent 3 millions d’exemplaires ; les personnages du manga font même une apparition sous forme de dessin animé dans une courte séquence de l’épisode 362 de la série télévisée.

D’autre part, Pocket Monsters Special scénarisé par Hidenori Kusaka et dessiné Satoshi Mato puis Yamamoto Satoshi, est une série d’aventures qui reprend au plus près l’intrigue des jeux vidéo : à chaque nouveau jeu correspond un nouvel arc narratif mettant en scène un nouvel héros qui porte le nom de la version. Chacun des chapitres de la série a pour titre le nom d’un Pokémon précédé de la mention « VS. ».
Seules trois séries de manga ont été traduites en français et publiés par Glénat entre 1999 et 2002 : Pokémon : Attrapez-les tous ! de Hiroyuki Asada, Pikachu Adventures ! de Yumi Tsukirino et Pokémon La grande aventure !, traduction de Pocket Monsters Special. En 2011, la maison d’édition Kurokawa a repris l’édition de la série Pocket Monsters Special sous le titre de Pokémon Noir et Blanc.