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Une des notions qui a valu à l’ouvrage que nous allons étudier une importance considérable dans le champ de l’épistémologie contemporaine est celle d’épistémè. L’objet principal de l’analyse de Michel Foucault est, en effet, de dégager une nouvelle conception de l’histoire des connaissances et ce en rupture avec les interprétations historiques classiques qui perdurent encore aujourd’hui. Cette appréhension originale, Foucault la nomme « archéologie » (archè et logos) (d’où le sous-titre: une archéologie des sciences humaines). Il s’agit effectivement d’interroger le récit que nous offre l’histoire afin d’y retrouver les conditions de possibilité, c’est-à-dire les configurations ou pratiques discursives qui « ont donné lieu aux formes diverses de la connaissance ».  Cette approche indique avant tout que l’histoire des savoirs ne s’est pas déroulée de façon linéaire et continue comme si, par exemple, celle-ci ne constituait qu’une ligne parcourue de segments indiquant une évolution par découvertes successives et par de plus grandes attentions accordées au monde. Avec Foucault, au contraire, l’histoire est discontinue. Les épistémè ne se succèdent pas de manière fluide mais par ruptures. De plus, cette succession n’implique nullement qu’il faille accorder une valeur plus grande à une positivité par rapport à celle qui la précède.

I. 2. La configuration épistémique précédant celle de la représentation est toute entière dominée par la ressemblance. C’est autour de ce concept que le savoir de la Renaissance se forme et s’articule. Et a fortiori, c’est à partir de la ressemblance que le savant de l’époque appréhende le langage et la connaissance. Connaître au XVI° c’est interpréter et, je cite, « interpréter c’est aller de la marque visible à ce qui se dit à travers elle » (p. 47). Cette marque des choses qui s’offre à nos yeux est en fait la signature, le signe de la ressemblance que les choses entretiennent entre elles. L’harmonie ou la cohérence du monde sont donc assurées par la similitude qui unit les choses. C’est Dieu qui déposé ces marques pour que nous les recueillions et que nous reconnaissions Son oeuvre. Toutefois, pour qu’existent une connaissance, un discours scientifique qui soient en adéquation avec son objet, il faut un langage qui puisse correctement désigner les choses. Une nouvelle fois, c’est la ressemblance qui va être invoquée et assurer la rectitude de dénomination langage: les mots doivent être semblables aux choses ou, plus précisément, aux marques des choses (ex: langue unique avant babel; Hébreu, …). Aussi, « savoir consiste à rapporter du langage à du langage ». Nous pouvons maintenant comprendre pourquoi la classification ne jouait aucun rôle majeur à la Renaissance. Le tableau des connaissances est linéaire. Il s’agit de découvrir les marques indiquant les ressemblances qui unissent les choses, de les répertorier et, si possible, de retrouver les mots qui ressemblent le plus à ce qu’ils désignent. Ainsi était-ce un savoir du Semblable, c’est-à-dire du même où aucune tentative systémique ou méthodique de classification ne fut entreprise. L’homme n’a pas à classer parce qu’il n’a pas à ordonner: il n’a qu’à déceler les ressemblances dans le monde que Dieu a ordonné.

I. 3. Au XVII°, la ressemblance paraît insuffisante pour expliquer la relation entre les mots et les choses. « Le signe cesse d’être une figure du monde et cesse d’être lié à ce qu’il marque par les liens de la ressemblance ». Maintenant, cette liaison est assurée par la représentation: le signifié est représenté par le signifiant et inversement; sans intermédiaire. Le signe ne préexiste plus au langage humain. Le langage devient transparent. C’est donc à partir du langage même qu’il convient d’établir un ordre. Mais non un ordre, répétons-le, déterminé par la similitude présente dans le monde car, comme l’indique Buffon, la nature est remplie de choses différentes et d’exceptions; de plus, les mots peuvent désigner plusieurs choses alors qu’elles peuvent être différentes. La pensée ne doit plus s’exercer selon la similitude mais selon la comparaison qui détermine les identités et les différences. La comparaison génère de cette façon un ordre. Il est donc question de créer un ordre à partir de l’analyse des identités et des différences et plus de répéter infiniment le Semblable que l’on retrouve dans l’univers. La science générale de l’ ordre c’est la mathesis. Et, naturellement, le prolongement se matérialisera dans la taxinomia: disposition en tableaux ordonnés d’identités et de différences.

Jusqu’à Aldrovandi, faire l’histoire d’une plante ou d’un animal consistait à recueillir l’ensemble des signes pouvant constituer leurs marques. Car, répétons-le, les signes faisaient partie de ces êtres. Dès lors, on pouvait trouver, leur concernant, des renseignements tels que: ses vertus, les légendes et histoires s’y rapportant, les blasons où ils figurent, les aliments qu’ils fournissent,… etc. Il ne pouvait donc y avoir d’Histoire naturelle puisqu’il n’y avait que des histoires.

Par contre, l’âge classique conçoit l’histoire d’une tout autre façon: elle consiste à poser un regard minutieux sur les choses elles-mêmes et à transcrire ensuite ce qu’il recueille dans des mots neutres et transparents. Ainsi passe-t-on à la Renaissance de la représentation, issue si l’on veut de la perception, à la représentation clarifiée parce qu’analytique du langage, sans recours aucun à la similitude. Aussi Foucault indique que « l’histoire naturelle a pour condition de possibilité l’appartenance commune des choses et des mots à la représentation ».

Ainsi l’analyse de la représentation des êtres vivants opérée par le langage de l’histoire naturelle nous ouvre un monde ordonné. Rappelons en effet que, d’une façon générale, la réflexion et surtout le langage sont déjà des formes d’analyse de la représentation et donc instance d’ordonnancement et de classification des choses. De ce fait, faire l’histoire des êtres, c’est leur appliquer un ordre, les classer selon leurs traits communs. Autrement dit, l’histoire naturelle doit répondre à une mathesis par la classification des êtres vivants en taxinomies.