Si les individus d’une même espèce partagent souvent le même phénotype, il y a des exceptions. On définit l’espèce comme une population d’individus suffisamment isolés génétiquement des autres populations pour ne plus s’hybrider avec elle. La spéciation inclut tous les processus de diversification, la sélection naturelle s’exerçant ensuite sur les phénotypes produits. L’espèce poursuit toujours son évolution et n’est définie que un temps donné.

mutations, duplications de gènes, hybridations sont des processus génétiques, mais l’apprentissage et l’association sont également des processus sources de diversification. Beaucoup de ces mécanismes sont aléatoires et par conséquent faire émerger des organismes moins bien adaptés.

la création d’une nouvelle espèce implique un isolement génétique suffisant, donc une limitation drastique des possibilités d’hybridation. L’isolement d’une petite population, qui favorise la dérive génétique, va accélérer la spéciation. Une espèce reste cependant définie pour un temps donné.

Par le jeu des brassages génétiques lors de la reproduction sexuée, les allèles sont ou non transmis aux descendants. Ainsi les fréquences des allèles varient au sein de la population d’une génération à l’autre. Cet effet est plus sensible sur les populations de petite taille et peut conduire à une diminution dramatique de la diversité génétique qui peut conduire à la disparition de l’espèce.

En permettant la reproduction de certains individus, les facteurs du milieu vont favoriser la transmission des déterminants (génétiques et autres) de ces phénotypes. La sélection naturelle trie au sein de la diversité existante, et fait ainsi évoluer la composition de la population au gré des changements de milieu.