constat de départ : l’observation des structures anatomiques peuvent paraître au premier abord d’une étonnante complexité. Ainsi, l’œil de chaque organisme vivant qui en est pourvu, par exemple, qui fascina Charles Darwin, est le fruit d’une histoire évolutive non-linéaire et non-orientée du « plus simple » vers le « plus complexe ». En effet, certaines structures qui se ressemblent (comme l’acquisition d’une lentille, cristallin chez l’humain) semblent être apparues de façon indépendante dans différents groupes de Mollusques, par exemple et certaines caractéristiques finissent par ne plus s’exprimer ou régresser dans certains groupes avec un état de caractère plus simple à nouveau.  Chaque variation apparue est due à des mutations sous l’effet du hasard. La plupart du temps, la sélection naturelle permet de conserver les systèmes visuels les plus adaptés au besoin des organismes à un instant t (ayant la fitness la plus élevée, c’est-à-dire la capacité à avoir les descendants la plus grande au sein des populations d’individus, leurs traits génétiques qui s’expriment en leur donnant des caractéristiques plus favorisées se transmettant davantage). Tout étant dynamique, y compris le milieu de vie, les proportions et caractéristiques des individus des espèces le sont aussi puisque la sélection naturelle change en conséquence des changements du milieu de vie.

 En revanche, certaines structures anatomiques peuvent ne pas paraître en adéquation avec leur fonction, ce qui ne suggère donc pas que « tout est parfait dans le meilleur des mondes ». Exemples :  ainsi, le nerf laryngé des Mammifères parcourt un trajet inutile entre la base du crâne où il est émis et le larynx qu’il innerve. De même, la forme étroite du bassin des femmes humaines ne paraît pas en adéquation avec la taille du crâne des nouveau-nés. Au cours de l’évolution, beaucoup de caractères sont soumis à des pressions de sélection contraires : aux contraintes d’adaptation s’ajoutent des contraintes phylogénétiques, fruit de notre histoire évolutive, et des contraintes structurales, c’est-à-dire de développement. Ainsi, l’histoire évolutive des mammifères explique le trajet étonnant du nerf laryngé (contraintes phylogénétiques et structurales fortes). De la même façon, la forte contrainte adaptative de la bipédie sur le bassin entraîne des difficultés lors de l’accouchement chez la femme : on parle de compromis évolutif entre les deux fonctions du bassin (locomotrice et reproductive). La médecine contre-balançe une mortalité infantile qui serait bien plus élevée que d’autres Singes, l’humain étant alors devenu un agent de sélection naturelle en quelque sorte !

a/ en agriculture : Depuis les débuts de l’agriculture, il y a 10 000 ans environ (néolithique), les humains exercent des pressions de sélection sur les organismes vivants dans les espaces agricoles. Sur les plantes cultivées par exemple, ils ont sélectionné celles dont les caractères correspondaient à leur besoin. Par rapport aux parents sauvages, cette sélection artificielle, appelée domestication (cf Darwin qui l’inclut lui-même dans son célèbre livre « L’origine des espèces au moyen de la sélection naturelle ou la préservation des races favorisées dans la lutte pour la survie » en 1859, race devant s’envisager comme aujourd’hui le mot espèce), a contribué à réduire la diversité des variétés cultivées et à former des variétés dont les caractères sont différents : grains de grande taille, de bon goût etc. Aujourd’hui, les pesticides agricoles exercent des pressions de sélection sur les populations des bioagresseurs (espèces indésirables dans les cultures). Si un individu résistant apparaît par l’effet de mutations dues au hasard, l’emploi de pesticides contribue, par sélection naturelle, à sélectionner des populations résistantes. Il faut alors utiliser davantage de pesticides pour se débarrasser des bioagresseurs des cultures ou les mélanger.

en médecine : l’évolution rapide des organismes microbiens comme les bactéries et les virus leur permet de s’adapter aux systèmes de défense de l’hôte. Cette évolution des micro-organismes pathogènes a une importance médicale puisqu’elle permet d’expliquer la sélection de bactéries résistantes par l’utilisation d’antibiotiques ou encore les difficultés à établir des vaccins contres certains virus comme celui de la grippe ou du VIH. Il est ainsi nécessaire de constamment adapter les stratégies prophylactiques et les traitements médicamenteux et de poursuivre les recherches.