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L’analyse de l’ADN de « l’homme de Denisova « 

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L’analyse de l’ADN  de « l’homme de Denisova « enfin terminée!!!

Une découverte qui confirme une nouvelle étape : l’ADN au service des paléontologues ..

2012:L‘Institut Max Planck de Leipzig, en Allemagne, vient de  terminer la séquence du génome de l’homme de Denisova découvert en 2008.

1Touristes allant vers » Denisova cave »Auteur:?????????????. Original uploader was ????????????? at ru.wikipedia .CC-BY-SA-3.0, 2.5,2.0,1.0; Distribué sous la GNU Free Documentation License.

Les séquences d’ADN a montré que cet individu venait d’un groupe jusqu’alors inconnu des humains disparus qui sont devenus connus comme « Denisovans ». Ensemble, avec leur groupe frère des Néandertaliens,les » Denisovans » sont les parents les plus proches disparus de l’homme vivant actuellement.

Notons qu’en  2010, Svante Pääbo et ses collègues avaient  présenté les premiers résultats de l’étude du génome de l’homme de Denisova.

sans titre1Svante Pääbo Category:Images from PLoS journalsSource: http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Plos_paabo.jpg

En 2012,  de nouvelles techniques sensibles  leur ont permis de séquencer toutes les positions dans ce génome  (environ 30 fois plus) à partir de l’ADN extrait( moins de 10 milligrammes) de l’os du doigt. (Notons qu’ en 2010, chaque position dans le génome a été déterminée, en moyenne, seulement deux fois.)

« Le génome est de très haute qualité…Nous couvrons toutes les séquences d’ADN non répétitives dans le génome de l’homme de  Denisova tant de fois qu’il a moins d’erreurs que la plupart des génomes de l’homme d’aujourd’hui qui ont été déterminées à ce jour »explique Matthias Meyer.

« Nous espérons que les biologistes pourront utiliser ce génome pour découvrir les changements génétiques qui ont été à l’origine du développement de la culture et de la technologie humaine.  C’est cela qui a permis à l’homme moderne de quitter l’Afrique et de se propager rapidement dans le monde entier, il y a 100 000 ans», explique Svante Pääbo.

L’histoire de l’Homme est en cours d’écriture ……à suivre…….

NB:Le génome est disponible à http://www.eva.mpg.de/denisova et en tant que données publiques Set via Amazon Web Services (AWS): http://aws.amazon.com/datasets/2357 .

Source:Entire genome of extinct human decoded from fossil.

Quelques rappels sur la découverte de l’homme de Denisova (2008) :article écrit en 2008

– Au cours de l’été 2008, des chercheurs découvrent, au cours de leurs fouilles, un fragment d’os dans une grotte de Sibérie, la « Denisova cave » .

Cette grotte est très connue par les paléontologues, elle renferme de nombreux outils utilisés par de l’Homme de Néandertal (Pour une période se situant entre -30000 et -40000 ans ) ; elle est située dans le nord ouest des montagnes de l’Altaï à environ 6 km du village de Chernyi Anui.

Altai,Tienschan-Orte

Carte de l’Altaï From de:Bild:Altai,Tienschan-Orte.png by de:Benutzer:Geof

Ce fragment de doigt est rangé pour une étude ultérieure ; il ne paraissait avoir rien de bien extraordinaire et pourtant …..

NB:L’étude de L’ADN (voir les infos en bas de l’article) apporte une aide considérable lorsque peu ou pas de structures anatomiques sont préservées .

Cet os est expédié en Allemagne à l’ Institut Max Planck( http://www.eva.mpg.de/english/index.htm) , responsable du projet du génome de Néandertal , lancé en 2006( pour séquencer les 3 milliards de bases qui constituent son génome complet ).

 Des chercheurs ont analysé son ADN mitochondrial.

 Une énorme surprise les attend :

« Cela dépasse réellement nos espoirs …. J’ai failli ne pas y croire. Cela semble trop fantastique pour être vrai ».…..dit Svante Pääbo de l’Institut Max Planck en Allemagne.

Cet ADN comporte 385 sites différents de celui de l’homme moderne …

L’ADN de l’Homme moderne présente 202 sites différents de celui de l’Homme de Néandertal …..

Et si cet ADN était celui d’une nouvelle espèce ?

Qui était cet homme de Sibérie ?

Cet os appartiendrait à une espèce qui se serait séparée de la lignée ayant conduit à l’homme moderne, il y a un million d’années environ, bien avant la séparation de « Homo sapiens » et « Homo néanderthalensis » .

new_denisova-545x496

Un grand merci àAlain Gallien (Professeur de SVT au lycée du Clos Maire à Beaune ) pour ce document réalisé le 5 Avril 2010: http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=2159

NB: Les chercheurs ont appelé l’Homme de Denisova « X woman » en référence à son ADN mitochondrial (transmis par la mère à ses enfants) .

 Un autre schéma de cette évolution buissonnante :http://www.hominides.com/data/images/buisson/evolution-des-hominides.png

Quelques explications : les espèces fossiles de la lignée humaine sont réparties en deux genres : Australopithecus et Homo.

-Les australopithèques ont acquis une bipédie permanente; ils ont été retrouvés en Afrique.

-Le genre Homo, très diversifié, est caractérisé par une augmentation progressive de la capacité crânienne et une régression de la face. .. les fossiles identifiés avec certitude sont tous africains.

L’homme moderne, Homo sapiens, est la seule espèce actuelle du genre Homo: Il est apparu en Afrique ou au Proche-Orient et a colonisé tous les continents.

« L’homme de Denisova » aurait quitté l’Afrique après Homo erectus et avant les ancêtres de l’Homme de Néandertal …Homo sapiens l’a quittée plus tard…

– Ci-dessous:les migrations d’Homo sapiens

 

migra_cart2Par Alain Gallien : Professeur de SVT au lycée du Clos Maire à Beaune (Côte d’Or)

Cette nouvelle espèce, « Homo « Denisova », serait contemporaine d’Homo sapiens et d’Homo neanderthalensis ( il y a 30000 à 40000 ans en arrière). A proximité de l’os, les paléontologues ont retrouvé des parures, des outils ….on peut donc supposer qu’il était probablement aussi évolué qu’Homo sapiens et Homo neanderthalensis.

Il faudrait analyser de L’ADN nucléaire pour clairement définir les liens entre cet Homme de Sibérie, l’Homme moderne et l’Homme de Néandertal…...

NB : N’oubliez pas qu’en 2003, « Homo Floresiensis » , l’Homme de Flores, avait été découvert dans une caverne de l’île de Flores (Java, en Indonésie)…..

Sa trace n’est retrouvée qu’à cet endroit (entre 12 000 et 95 000 ans en arrière)… Voir l’article sur : http://www.hominides.com/html/ancetres/ancetres-homo-floresiensis.php

Récemment, la découverte, sur ce même lieu, d’éclats de pierre (utilisés comme des outils primitifs) laisse envisager que ses ancêtres étaient là bien avant, au moins 120.000 ans plus tôt…. (Source : http://www.nature.com/news/2010/100317/full/464335a.html)

Source partielle : http://www.nature.com/news/2010/100324/full/464472a.html

Compléments : l’ADN? De quoi s’agit-il?

Voir le document:

http://lewebpedagogique.com/arnaud/files/2009/09/a-la-recherche-du-programme-genetique10.pdf

–Chaque chromosome est constitué d’ADN.

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Source: http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Chromosome_fr.svg

Sur les chromosomes, on localise de nombreuses portions : les gènes porteurs d’informations génétiques codant pour des caractères propres à l’espèce , mais aussi à chaque individu (groupe sanguin, couleur des yeux…).

–Une autre forme d’ADN existe: il ne se trouve pas dans le noyau des cellules, mais dans des organites du cytoplasme (mitochondries): c’est l’ADN mitochondrial, il est transmis par la mère.

Structure simplifiée d’une cellule
sans titre1

Schéma d’une mitochondrie.

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Source: http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Animal_mitochondrion_diagram_fr.svg

 

La gestion du sol, un enjeu durable pour l’humanité

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Précisons tout d’abord le sens de « durable »….

Qu’est ce qu’un développement durable?

« Un développement qui répond aux besoins des générations du présent sans compromettre la capacité des générations futures à répondre aux leurs. Deux concepts sont inhérents à cette notion : le concept de « besoins », et plus particulièrement des besoins essentiels des plus démunis, à qui il convient d’accorder la plus grande priorité, et l’idée des limitations que l’état de nos techniques et de notre organisation sociale impose sur la capacité de l’environnement à répondre aux besoins actuels et à venir. »  Extrait du rapport Brundtland (1987/ Commission mondiale sur l’environnement et le   développement /ADEME ‘(Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie)

Cliquez sur l’image ci dessous pour voir le diaporama

Qu’est ce qu’un sol?

Le sol se compose :

-d’ éléments minéraux(ils proviennent des roches du sous-sol érodées par l’eau, le vent, le gel, les racines …)

-de matière organique (elle comprend des débris végétaux et des restes d’animaux morts)

Comment se forme t-il? Qui décompose la matière organique du sol?

Le sol est un milieu de vie qui abrite une grande biodiversité.De nombreux animaux et micro-organismes y vivent.

Voir l’animation interactive pour identifier les animaux du sol  ici

En voici quelques exemples.

Lithobie Lombric

Cloporte

CollemboleIule

Oribate source
Pseudoscorpion/vue ventrale

Voir les dossiers suivants:

 CNRS: tous au travail pour le sol

la faune du sol

l’exposition INRA :le sol

Source: college/frontenex

Les êtres vivants du sol se nourrissent les uns des autres : ils sont interdépendants.

Ils constituent les éléments de chaînes alimentaires; ces chaînes forment des réseaux.Dans ces réseaux, les détritivores (vers de terre ,insectes….)puis les décomposeurs (bactéries, champignons…)assurent la  transformation de la matière organique morte en matière minérale.La matière y est donc  recyclée en permanence.

« un sol résulte donc d’une longue interaction entre les roches et la biosphère, conditionnée par la présence d’eau et la température. Le sol est lent à se former, inégalement réparti à la surface de la planète. Il peut être facilement dégradé et souvent détourné de sa fonction biologique.

Sa gestion est un enjeu majeur pour l’humanité ».Extrait du Programme  SVT seconde

[dailymotion]http://www.dailymotion.com/video/xh7vea_microbiodiversite-vie-et-mort-des-sols-expliquee-par-lydia-et-claude-bourguignon-microbiologistes_news#rel-page-2[/dailymotion]

L’augmentation de la population humaine,  le réaménagement  des terres (implantations d’ industries,de nouvelles villes, de nouvelles  zones touristiques … ) , les changements climatiques, les pollutions  bouleversent les sols et leur biodiversité ;ils peuvent entrainer  leur dysfonctionnement. voir le  dossier cnrs.fr

En conclusion, le sol est fragile, c’est une ressource dont l’homme a un besoin immédiat.

Il a l’obligation morale de ne pas le gaspiller ,de ne pas le dégrader et de le garder « intact » pour les générations à venir: il doit donc  le gérer de façon durable.

Quelques documents annexes … (source   crdp.ac-amiens. )

-2011 : une expertise de l’état des sols en France.

-Biodiversité et sol : impact de l’Homme depuis le site du CNRS.

-Agriculture et biodiversité – depuis le site de l’INRA.

-Dégradation du sol et développement durable en Europe: ayons les pieds sur terre, depuis le site de l’AEE (agence de l’Union européenne).

-Sites et sols pollués : le site ministériel.

le dossier « Ma terre »/Les-sols

… plus orientés SVT

-Pesticides et pollution des sols, des données moléculaires à prendre en compte : site académique de Créteil.

-Effet d’une pollution métallique (plomb) sur la biodiversité dans la litière d’un sol, un schéma  : site SVT de l’académie de Dijon.

 

-la_ressource_en_sol, support_de_la_biodiversité_et_de_l’activité_humaine

Du nouveau: Archéoptéryx était noir et pouvait peut être voler…..

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Archéoptéryx fut découvert dans les gisements calcaires  de Solnhofen en Allemagne en 1861 …

Archéoptéryx était il capable de voler et si oui comment?

Ryan Carney et son équipe viennent d’apporter des éléments nouveaux…..  Ils  ont permis  de définir sa couleur mais fournissent aussi des indices sur son aptitude à voler

Musée Berlin/source wikipedia.org

Le Pr Ryan Carney et ses collègues de l’Université Brown ont procédé à plusieurs tests sur une  plume fossilisée du premier spécimen d’Archaeopteryx découvert  en 1861.

Ils recherchaient les  mélanosomes ( petits organites producteurs de pigment que l’on trouve en quantité variable à l’intérieur de la plume)…

En les  comparant avec ceux des  de plumes d’oiseaux actuels, ils ont déterminé  qu’ils produisaient un pigment noir avec une probabilité de 95%.

D’autres constatations ont également montré que la microstructure de la barbule était identique à celle des oiseaux modernes qui ont évolué depuis le Jurassique.

Cette mélanisation  aurait fourni des avantages structurels utiles au vol :rigidité et durabilité des plumes d’aile …

« Brown researchers say that the original color of a 150-million-year-old Archaeopteryx feather was black, which is a pigment that would have increased the strength and durability of the dinosaur’s wing feathers–useful in flight. »source http://www.brown.edu/

D ‘autres découvertes permettront-elles  de répondre à cette question   :

Archéoptéryx volait- il ?

Source partielle:http://www.nature.com/ncomms/journal/v3/n1/full/ncomms1642.html

Le Langur de Miller, une espèce rare de Primate portée disparue retrouvée à Bornéo!

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Publiée Le 24 JAN 2012 dans l’ American Journal of Primatology, cette bonne nouvelle a surpris les scientifiques!

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=OVbfiuEVVdo[/youtube]

Qui est le Langur de Miller?

C’est  l’un des primates les moins connus et les plus rares au Bornéo. Sa répartition géographique est  limitée le long de la côte centrale de Kalimantan Est ; cette espèce est maintenant extrêmement rare, elle est considérée comme l’une des 25  les plus menacées (dans le monde des primates) .

Où l’a t-on retrouvé?

Sa zone d’habitat a été ravagée par les incendies et la déforestation, elle a diminué de moitié au cours des vingt dernières années…..

On l’a identifié hors de cette zone, dans la réserve naturelle de Wehea au Kalimantan, partie indonésienne de l’île de Bornéo.

«Les inquiétudes d’une éventuelle extinction du Langur de Miller remontent à 2004 et des recherches lors d’une expédition menée en 2008 avaient conforté ces craintes d’une situation alarmante» précise Brent Loken de l’Université Simon Fraser au Canada

Quelques précisions:

-En 2004 Brandon-Jones et al. ont été parmi les premiers à exprimer des inquiétudes que cette espèce pourrait avoir disparu.

-En 2006, la sous-espèce a été inscrite comme l’un des 25 primates les plus menacés

-En 2008, Arif Setiawan et ses collègues ont mené la première enquête ciblée dans son habitat  géographique connu incluant à la fois le parc national de Kutai et la  péninsule de Sangkulirang .  L’équipe n’a pas trouvé de preuves de son existence . La population locale a récemment confirmé que ce seul groupe n’existe plus dans cette zone …

La sécurisation de la protection de cette espèce doit être une mesure prioritaire pour en assurer sa survie.

N’oublions pas qu’elle est l’une des  25 espèces  de primates les plus menacées.

source partielle: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ajp.21983/full